Le Perche-Gouët était autrefois recouvert de forêts. A l’époque mérovingienne, la reine Ba-
thilde, veuve de Clovis II, fit d’importantes donations à l’abbaye Saint Père (Saint Pierre) de Chartres dans cette région. C’est l’origine de Villevillon. Une première église, sans doute en bois existait bien avant l’église actuelle.

En 845, les Vikings ravagèrent Chartres. L’abbaye Saint Père fut entièrement détruite. Pour récompenser les seigneurs qui l’avaient aidé, Hélie, Evèque de Chartres, leur distribua des terres de l’abbaye. Ainsi se formèrent 5 baronnies: Alluyes, Authon-du-Perche, la Bazoche-Gouët, Brou et Montmirail. Du XIème au XVème siècles, elles furent aux mains de la puissante famille Gouët, qui donna son nom à la région.

Selon une charte rédigée en 1059, un seigneur de Villevillon nommé Odon fit don à l’abbaye Saint Père de Chartres de l’ancienne église « ruinée et détruite par les malheur du temps » et de 3 arpents de terre dans son voisinage pour la reconstruire. C’est l’acte fondateur de l’église Notre Dame de Villevillon actuelle.

L’église a conservé son plan primitif à nef unique prolongée par un choeur arrondi. A la fin du XVème siècle, de grandes baies vitrées de style flamboyant ont été ouvertes et une nouvelle charpente installée. Sur la poutre de Gloire, le groupe de la Crucifixion en bois polychrome, avec la Vierge et Saint Jean date de la même époque.